Bei einem Treffen der Jungen Gruppe der CDU/CSU-Bundestagsfraktion mit dem Ratsvorsitzenden der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD), Bischof Dr. Wolfgang Huber, kamen zahlreiche aktuelle und kontroverse Themen wie die Haltung der EKD zur Stammzellforschung zur Sprache. Während die katholischen Bischöfe strikt gegen eine Verschiebung des Stichtages bei der Forschung mit embryonalen Stammzellen sind, hat Bischof Wolfgang Huber bereits 2006 gesagt, dass er eine einmalig Verschiebung des geltenden Stichtages (1. Januar 2002) für vertretbar hält. Auch der CDU-Parteitag hatte in Hannover beschlossen, zu Forschungszwecken die Einfuhr von Stammzellen zu erlauben, die bis 2007 gewonnen wurden.
Philipp Mißfelder sieht sich und große Teile der CDU/CSU-Bundestagsfraktion jedoch durch den Beschluss des CDU-Parteitages zur Stammzellforschung nicht gebunden: „Das ist eine reine Gewissensfrage. Ich werde sowohl in der Fraktion als auch in anderen Gremien selbstverständlich für die Beibehaltung des Stichtages 1. Januar 2007 stimmen. Und deshalb habe ich auf dem CDU-Parteitag in Hannover auch gegen die Empfehlung der Antragskommission gestimmt“, so der heimische Bundestagsabgeordnete.
Große Einigkeit herrschte beim Thema Religionsunterricht. In Berlin hat die regierende Koalition aus Linkspartei und SPD für alle Schüler der 7. Klasse ein Fach Ethik eingeführt, dessen Inhalt staatlich kontrolliert wird und das nicht abgewählt werden kann. Dieses Fach hat den konfessionellen Religionsunterricht aus dem Unterricht gedrängt. Bischof Huber und Philipp Mißfelder verlangten vom Berliner Senat die Wiedereinsetzung dieses Faches, denn die große Mehrheit der Bevölkerung in Ost- und Westdeutschland und auch der Linkspartei-Wähler wünschen sich die Möglichkeit der Wahl zwischen Religionsunterricht und Ethik. In ein umfassendes Bildungsverständnis muss auch die Vermittlung kultureller und religiöser Werte einbezogen sein. Dazu leistet der Religionsunterricht einen unverzichtbaren Beitrag.
Philipp Mißfelder ergänzte dazu: „Die offen zur Schau getragene Kirchenfeindlichkeit der rot-roten Wowereit - Regierung bedeutet einen tiefen Einschnitt in den Wertekonsens unserer Gesellschaft. Sie sucht in der Geschichte der Bundesrepublik Deutschland ihresgleichen. Berlin ist das erste Bundesland, das den Religionsunterricht als Schulfach abgeschafft hat.“